結論から言うと、年度途中で帰国する場合でも、多くの人は『会計年度が終わった後（7月1日以降）』に通常どおりタックスリターンを行います。帰国してからでも、myGovとオンラインの申告環境、そして豪ドルを受け取れる銀行口座を残しておけば、日本から申告して還付を受け取れます。これが最も一般的で確実な方法です。
オーストラリアの会計年度は7月1日〜翌6月30日で、通常のタックスリターンの申告期間はその後の7月1日〜10月31日です。年度の途中（例えば3月）に帰国しても、6月30日で年度が締まってから申告するのが基本の流れになります。Income StatementがATO側で『Tax Ready』になり、雇用主の情報が反映されてから申告すると、入力ミスや修正を減らせます。
一方で、ATOには『オーストラリアを永住的に離れる（leaving Australia permanently）』一定の人向けに、年度末を待たずに申告できる早期申告（early lodgment）の仕組みがあります。ただし対象や条件（税務上の外国居住者であること、離豪後にオーストラリア源泉の所得が原則ないこと等）が細かく定められており、当てはまるかどうかは個別事情によります。早期申告を検討する場合は、必ずATOの『Lodging your tax return before you leave Australia』のページで最新の条件を確認するか、登録税理士に相談してください（この記事では具体的な適用可否は断定しません）。
還付を確実に受け取るための準備が重要です。① myGovとATOの連携を在豪中に済ませる、② 豪ドル（AUD）を受け取れる銀行口座を帰国後も残す、③ 全期間のPayslipと会計年度のIncome Statementを保存、④ 仕事関連の控除に使う領収書を保管、⑤ Superの払い戻し（DASP）は別手続きなので混同しない、の5点を押さえましょう。銀行口座を早く解約すると還付の受取先を失うため、申告・受取が済むまで残すのが鉄則です。
自分での申告が難しい場合（複数の雇用主、居住性の判断が微妙、海外所得がある等）は、登録Tax Agent（税理士）に依頼する選択肢もあります。手数料はかかりますが、控除を正しく計上でき、帰国後の海外からの手続きも代行してもらえます。いずれの方法でも、正確な税額や還付/追納の判定は総所得と源泉徴収額で決まるため、ATOの計算ツールで試算しておくと見通しが立ちます。