ワーホリビザの申請では、必ずしも全員が健康診断を求められるわけではありません。ただし、一定期間の医療・介護・保育などの仕事を予定している場合や、直近で特定の国に長期滞在した場合など、条件に該当すると健康診断（Health examination）を求められることがあります。求められた場合は、指示に従って指定の検査を受ける必要があります。
健康診断を求められると、通常はImmiAccount経由またはメールで『HAP ID（Health Assessment Portal ID）』が発行されます。このHAP IDを持って、オーストラリア当局が指定する医療機関（panel physician / panel clinic）で受診します。日本国内にも指定医療機関があり、居住地に近い場所を選べます。自分でHAP IDを取得できる『My Health Declarations』という仕組みが使える場合もあります。
検査内容は求められる範囲によって異なりますが、一般的には胸部レントゲン（結核スクリーニング）や身体診察が含まれることがあります。予約時に必要書類（パスポート、HAP ID、証明写真、眼鏡を使っている場合は眼鏡など）を確認し、指示された持ち物を用意して受診します。
検査結果は指定医療機関からオーストラリア当局へ電子的に送信されるため、自分で結果を提出する必要は基本的にありません。結果の送信・審査には日数がかかることがあるため、渡航予定がある場合は早めに受診を済ませておきましょう。費用は自己負担で、検査項目により数千円〜数万円程度かかります。
健康診断が必要かどうか、どの検査が求められるかは個々の申請内容によって異なります。指示された内容・期限・指定医療機関は、ImmiAccountの案内と公式ページで必ず確認してください。